A opção válida seria in the jungle, mesmo se um avião caísse por cima ou sobre as árvores. It fell and crashed in/into the jungle. Mas, tendo afirmado isso, percebo que podemos dizer The sun shone on the jungle after the storm (O sol brilhou sobre a selva após a tempestade). Portanto, depende do que se quer dizer, mas in seria bem mais comum.
Cf. Mais Dicas do Prof. Michael Jacobs
Cf. Mais Preposições
Referência: "Tirando Dúvidas de Inglês" de Michael Jacobs, Disal Editora, 2003. Leia a resenha.