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John Lennon podia dizer qualquer coisa (e quase sempre dizia mesmo). Normalmente – repito, normalmente –, não se usa beautiful para homens. Mas acho que a letra usa a palavra boy no singular, e ele estava se referindo ao filho, recém-nascido. Aí, sim, para bebês, pode-se usar o adjetivo beautiful. Sei disso porque, segundo me dizem, sempre usavam para se referir a mim (e ainda usam). Excetuando-se casos como esse, é preferível usar handsome.
Referência: "Tirando Dúvidas de Inglês" de Michael Jacobs, Disal Editora, 2003. Leia a resenha.